Стоит отметить, что советскими историками и этнографами (Толстов, Толстова, Жданко, Камалов и др.) затронуты исторические и этнографические вопросы каракалпаков касательно лишь их современной территории, а также рассмотрены некоторые моменты отдельных групп, проживающих в других регионах Узбекистана, то есть более или менее изученными являются период 19 и начала 20 века. Это уже говорит о том, что основные исторические аспекты каракалпакского народа ранее этого периода не изучены и вовсе. При этом, историками принята сомнительная концепция, что история каракалпаков ранее 19 века непременно связана с казахами, а ещё ранее с ногайцами из среды которых, каракалпаки собственно и выделились.
Тем не менее, из работ, связанных с историей каракалпаков за пределами их современной территории, единственную, можно отметить диссертационную работу Пискуновой Ирины Владленовны от 1995 года "Сырдарьинские каракалпаки и Россия в 18 веке". В данной работе рассмотрены взаимоотношения Сырдарьинских каракалпаков с подданными РИ калмыками и башкирами в конце 17 и начале 18 века. Работа требует многих уточнений, так как имеющиеся архивные материалы изучены автором не в полной мере, имеются временные неточности, например, Ишим Мухаммед хан обращался к РИ за год до нападения джунгар, а не в ходе джунгарской экспансии, требуются и другие уточнения, но тем не менее, если вкратце о данной работе:
Историк И.В. Пискунова в своей кандидатской диссертации «Сырдарьинские каракалпаки и Россия в XVIII веке» (Нукус, 1995) рассматривает взаимоотношения каракалпаков с калмыками и башкирами как важную часть общей геополитической обстановки в Урало-Поволжье и Центральной Азии.
Взаимоотношения каракалпаков с калмыками.
Согласно исследованию Пискуновой, эти отношения носили преимущественно острый, враждебный характер и строились вокруг борьбы за степные ресурсы. В конце XVII — начале XVIII века из-за давления джунгар на казахские жузы часть сырдарьинских каракалпаков была вынуждена покинуть привычные земли. Вместе с казахами они двинулись на запад в поисках новых кочевий на реках Волга, Эмба и Урал (Яик). Это привело к резкому обострению столкновений с волжскими калмыками. Пискунова отмечает, что Калмыцкое ханство во главе с ханом Аюкой смогло выдержать натиск каракалпаков и казахов во многом благодаря военно-политической помощи России. Царское правительство поддерживало калмыков, так как те несли пограничную службу на южных рубежах империи. Оказавшись зажатыми между сильными противниками (джунгарами на востоке и калмыками при поддержке России на западе), каракалпакские бии начали искать сильного союзника. Именно противостояние с волжскими калмыками подтолкнуло каракалпакского хана Ишим-Мухаммада (чьи улусы располагались поблизости от калмыков и башкир) первым обратиться к России с просьбой о принятии в подданство.
Взаимоотношения каракалпаков с башкирами.
Связи между каракалпаками и башкирами исследовательница характеризует как тесные, многогранные, но политически сложные. Пискунова подчеркивает наличие устойчивых торговых, военных и этнокультурных связей между двумя народами на протяжении XVIII века. Каракалпакско-башкирские контакты напрямую зависели от политики царской администрации. Обострение отношений происходило в первой половине XVIII века во время башкирских восстаний. В эти периоды башкирское общество раскалывалось на восставших и тех, кто помогал царским властям, а в регион одновременно прибывали большие группы каракалпаков (особенно после «Годов великого бедствия» 1723 года). По архивным данным, изученным автором, каракалпаки на территории Башкирии чаще всего фиксировались на Ногайской и Сибирской дорогах. В 1752 году вышел специальный царский указ, официально разрешавший каракалпакам селиться в Уфимской провинции. Пискунова обращает внимание на интересную деталь: западная группа каракалпаков, кочевавшая по соседству с башкирами, не признавала российского подданства. Царские чиновники долгое время не различали «верхних», «нижних» и западных каракалпаков, воспринимая их как единый народ. Из-за действий западных групп в переписке и политике властей возникала путаница, осложнявшая диалог с сырдарьинскими биями.