Субклад C1b обнаружен у образца Костёнки 14 со стоянки Маркина Гора (костёнковские стоянки), жившего около 37 тыс. лет назад (верхний палеолит)[14][15]
Субклад C1a определён у образца GoyetQ116-1 (ориньякская культура) из пещеры Гойе (fr:Grottes de Goyet) в Бельгии (около 35 тысяч лет назад)
Субклад C1a2 обнаружен у четырёх образцов со стоянки Сунгирь (34,65—33,7 тысяч лет назад)[16]
Субклад C1a2 определён у образца Pavlov 1 из Чехии (около 30 тысяч лет назад)[14]
У образца NEO239 (7545 лет до настоящего времени) из пещеры Чёртовы Ворота в Приморье выявлена Y-хромосомная гаплогруппа C2b[17].
Субклад C1a2 определён у образца Vestonice 16 из Дольни-Вестонице (граветт Чехии, около 30 тысяч лет назад)[18]
C1a2 обнаружен у анатолийского охотника-собирателя ZBC из местечка Pınarbaşı в турецкой провинции Конья, жившего 13,642—13,073 тысячи лет до н. э., C — у анатолийского фермера ZMOJ из местечка Boncuklu, жившего 8300—7800 лет до нашей эры[19].
C1a1a определён у представителя азильской культуры BAL003 (12830—10990 лет до настоящего времени) из Бальма де Гилания или Бальма де ла Гвинеу (Balma Guianya) в Пиренеях (испанская провинция Льейда)[20].
У образца CP19 из бразильского Lapa do Santo возрастом около 9,5 тыс. л. н. определён субклад C2b[21].
Субклад C1a2-V20 известна из неолита Турции с датировкой 8500—8200 лет назад (Barçın)[22]
Гаплогруппа C определена у образца La368 (около 7888 лет назад) из Лаоса[23].
Субклад C2c-P53.1 у представителя культуры Лепенски-Вир[24].
У мезолитических индивидов из местонахождения Ла Бранья (La Braña 1, La Braña 2), найденных в автономной провинции Астурия (северо-запад Испании), оказалась Y-хромосомная гаплогруппа C1a2 (ранее обозначалась как C6)[25][26]
Гаплогруппа C обнаружена у неолитического обитателя Малык-Преславеца (Болгария)[18]
Y-хромосомная гаплогруппа C1a2 (ранее обозначалась как C6) была обнаружена у представителя культуры линейно-ленточной керамики из венгерского местонахождения Apc-Berekalja I, жившего примерно 4950—5300 лет назад, и у представителя восточной культуры линейно-ленточной керамики (Alföld Linear Pottery) из венгерского местонахождения Kompolt-Kigyósér, жившего примерно 4990—5210 лет назад[27]
Один представитель гаплогруппы C (вероятней всего С-М48) из андроновской культуры[28]
Гаплогруппа C была обнаружена у представителя культуры Хуншань[29][30]
Субклад C2b1a1b-F3830 (ISOGG 2015) определён у образца TL1а (Жужаньский каганат)[31]
C2b1a3a1a-Y4580 (с отрицательной Y4541) определена в одном из золотоордынских погребений XIII—XIV века в горах Улытау (Казахстан) у члена армии хана Джучи (образец DA28)