Если следовать научной логике, то современные уйгуры как этнос сформировались на территории Восточного Туркестана на основе смешения древнего индоиранского субстрата и монгольско-тюркского компонента. При этом и те, и другие субстратные группы не были однородными. Монгольский компонент представлен древними уйгурами, тюркский компонент в основном был представлен карлуками, в то время как индоиранскую основу составляли тохары и хотано-саки. Такова, в самых общих чертах, схема происхождения современных уйгуров...
Немного изменил текст, так будет вернее, что ли. "Пять есть Аймаков; или поколений 47, которые производят свое имя от Огус-Хана, из которых токмо [118] одно, то есть уйгурское поколение, произошло от потомства Могулл-Ханова", во время руководства Уйгурским каганатом перешли на тюркский язык ("уйгурско-тюркская письменность" в источниках, а не "уйгурская", т.е. у уйгур было 2 языка: родной уйгурско-монгольский и уйгурско-тюркский письменный для руководства тюркскими племенами)
Прим: Ашина перешли на тюркский, чингизиды тоже.