Если посмотреть на соседние с казахами народы то у них не видно большого генетического влияния монголов. Хотя они подверглись такому же завоеванию и у них так же названия монгольских племен.
Значит единствено возможное обьяснение это то что все кто жили на своих территориях так и остались жить без больших изменений, но только были переформатированны в смысле родов и племен. Казахи не исключение. И якобы "монгольские" гены результат домонгольских миграций.
Где были "оригинальные" племена был не секрет. Не даром везли хонгиратскую жену для Хулагу аж из Монголии, то есть из коренного племени.