Я кажется понял вас.
Вы наверно считаете, что если в "Маджму ат-Таварих", "Тарих-и Кашгар" и в других близких источниках говорится о кыргызах, то значит и упоминаемые события и топонимика должны быть кыргызскими или хотя бы соседними, типа кашгарскими минимум? Я не согласен с вами и ниже укажу почему.
Касательно упоминания Манаса или Тохтамыша все предельно понятно, что в данных источниках упоминаются события совершенно разных эпох, от 12 века до 18 века (Чингизхан, татарские племена, кара-китаи, Гур-хан, кыргызы, казахи, могулы и пр.), в том числе легендарного характера (эпизоды про Манаса и другое).
А не согласен я с вами вот почему.
Потому что по другим источникам Елюй-Даши (гурхан) пришел из Чина сперва в район Беш-Балыка.
Да и в этих самых источниках говорится, что меркитский Токта-бек бежал к найманскому Кушлук-хану на Артыш, на которых потом напал Чингизхан, и что там же на Артыше жили лесные ойраты.
Понятно же, что речь идет не кашгарском селе Артыш, а о реке Иртыш.